L'appellation agate se réfère seulement à la calcédoine translucide dans laquelle la couleur est distribuée en bandes courbes ou en couches.

L'agate se forme grâce à la circulation d'eau souterraine approchant la saturation en silice remplissant une cavité dans une roche hôte ou en dissolvant de la matière préexistante comme de l'os ou des coquillages. En conséquence l'agate se trouve très souvent à l'état de nodules arrondis, avec des bandes concentriques comme celles d'un tronc d'arbre. Ces bandes quelquefois ressemblent à des yeux, des coquilles ou même à des paysages avec des arbres ou des branches. Cette dernière variété est appelée agate mousse.

Le nom agate vient, au travers du latin, d'un mot grec désignant la rivière « Achates », en Sicile où ce matériel a été trouvé en quantités importantes pour l'époque.
L'agate a été un des premiers matériaux connus de l'homme et d'après les légendes, elle rendait le porteur aimable et persuasif. Il a été dit qu'elle guérissait des insomnies et procurait de beaux rêves.

Les Sumériens ont peut être été les premiers à utiliser l'agate pour faire des sceaux, des colliers, des chevalières et d'autres articles de joaillerie. La fameuse collection de quatre mille coupes, accumulée par Mithridate, Roi du Pont, montre avec quel enthousiasme l'agate était appréciée. Les coupes en agate étaient aussi très en vogue dans l'empire Byzantin et les collectionner devint assez commun dans la noblesse européenne lors la Renaissance. Plusieurs musées d'Europe en ont de magnifiques exemplaires.

Les Perses, les Arabes et d'autres peuples Orientaux utilisent l'agate principalement en chevalière sur laquelle est gravée un verset du Coran, le nom du propriétaire de la pierre ou quelque symbole ou formule magique qui est sensée protéger le porteur d'une grande variété de maux.